Parce que leur fils George rêve d'avoir un petit frère, M. et Mme Little se rendent à l'orphelinat pour adopter un enfant. Ils en reviennent avec une petite souris affable et débordante d'énergie nommée Stuart. Comblé par sa nouvelle existence, le gentil rongeur se heurte néanmoins à la bouderie de George, qui refuse d'en faire son compagnon de jeu, aux nombreux problèmes domestiques liés à sa petite taille et à l'hostilité du chat de la maison, Snowbell, jaloux de l'attention dont Stuart est l'objet. Mais la traditionnelle course de voiliers miniatures sur le lac de Central Park va bientôt donner l'occasion à ce dernier de conquérir le coeur de son demi-frère...