Trois ans plus tôt, Austin Powers arrêtait une bonne fois pour toute les machinations diaboliques du Dr Denfer.
Hélas, la paix n'est pas éternelle... Le Dr Denfer et son complice Mini-Moi, pourtant emprisonnés, ont réussi à s'échapper de la prison à sécurité maximale où ils étaient détenus! La population court à nouveau un grand danger! Heureusement, Austin Powers est toujours!

Mais Le Dr Denfer s'est associé avec l'Homme au membre d'or, un mystérieux criminel, en vue de prendre le contrôle total de la Terre! Afin d'y parvenir cette fois-ci, le Dr Denfer utilise sa machine à voyager dans le temps afin d'aller enlever le plus grand espion qu'a connu l'Angletterre : Nigel Powers, le père d'Austin!