Naguère féroce adversaire de l'écureuil Rocky et de l'élan Bullwinkle dans une série télévisée de dessins animés, Fearless Leader, le dictateur de Pottsylvanie, inactif depuis la fin de la guerre froide, décide de conquérir les États-Unis. Par le biais d'un contrat signé avec une responsable hollywoodienne, Minnie Manitou, il pénètre dans le monde réel accompagné de ses deux fidèles sbires, la redoutable Natasha Fatale et l'espion Boris Badenov. Son plan : lancer une chaîne sur le câble, RBTV (Really Bad Television), afin de transformer en zombies décervelés les téléspectateurs et les contraindre ainsi à l'élire président.
Alerté, le directeur du FBI, Cappy Prendaupiège, charge une nouvelle recrue, la jeune et naïve Karen Sympathie, de transférer à leur tour dans l'univers tridimensionnel Rocky et Bullwinkle, pourtant bien oubliés dans leur retraite de Frostbite Falls. Ils n'ont que trois jours pour traverser le pays, gagner New York et tenter de mettre en échec les dangereux projets de Fearless Leader comme ils avaient coutume de le faire dans le passé. Et comme auparavant, Natasha et Boris vont tenter de les intercepter.
Rocky et Bullwinkle parviennent à leur échapper non sans diverses mésaventures. Même quand ils commettent une infraction, leur célébrité leur vaut l'indulgence admirative de la juge Cameo. Et Bullwinkle affronte victorieusement une manifestation anti-élan dans sa bonne vieille université de Wossamata.
Pourtant, Fearless Leader est sur le point de triompher. Bullwinkle se fait expédier à la manière d'un e-mail et, surfant au sens propre sur le Net, peut arriver à temps dans le studio de RBTV, mettant ainsi un terme aux manigances de l'ex-dictateur et de ses complices, qui voient leurs armes se retourner contre eux et sont projetés dans un cyber-espace d'où ils ne pourront plus nuire.