Cinq ans à protéger la Terre contre les déchets de l'univers. Jay en a vu de toutes les couleurs-- et de toutes les races inimaginables -- depuis qu'il travaille secrètement au quartier général des Men in Black. Malgré tout, il n'arrive toujours pas à se trouver un partenaire permanent : lors d'une mission qui a failli mal tourner, il a décidé d'effacer la mémoire de Tee afin de lui permettre de recommencer une vie normale. On le taquine justement sur ce point au quartier général, mais Jay n'y peut rien s'il préfère travailler en solo. Il doit admettre être quelque peu déçu que son ancienne partenaire Elle ait accepté un poste important à la morgue du quartier général plutôt que de faire équipe avec lui sur le terrain. Il faut dire qu'il n'a jamais été chanceux en amour.

Pendant ce temps, un vaisseau spatial vient de s'écraser en plein coeur de Central Park à New York. L'extraterrestre qui en sort attrape le premier magazine de mode qu'il voit et se transforme en l'une des mannequins de celui-ci afin de passer inaperçu dans la ville. Serleena Xath, de son nom, n'est pas de bonne humeur. Elle va immédiatement rencontrer deux de ses amis, qui ont pris la forme d'un seul humain : Scrad et Charlie. Ces deux Zarthans n'ont jamais accompli la mission pour laquelle ils avaient été envoyés sur Terre, ce qui explique la colère qui habite Serleena. Ils réussissent cependant à la convaincre qu'ils sont prêts à tout pour racheter leur faute, et c'est ainsi qu'ils partent tous les trois interroger une connaissance qui saurait où se trouve la « lumière de Zartha ». Mais Mitch, propriétaire d'une pizzéria et Zarthan d'origine, ne donne pas la réponse escomptée à Serleena. Sous les yeux médusés de Rita, une employée, il est assassiné.

Jay, à qui on a communiqué l'écrasement du vaisseau, se rend sur les lieux pour y enquêter. On l'informe alors du meurtre survenu tout près et il s'apprête à y aller lorsqu'il découvre un hologramme fort mystérieux à l'intérieur du vaisseau : c'est une photo de Charlie avec à ses côtés... Kay, celui qui l'a initié à l'univers singulier des hommes en noir. Qu'est-ce que sa photo fait dans ce vaisseau, lui qui a recommencé une vie normale comme employé des postes? Jay n'a d'autre choix que de le ramener puisqu'il a besoin de son expérience dans cette affaire, mais le processus de restauration de la mémoire n'est pas tout à fait encore au point et Kay ne se souvient de rien... Une situation très embêtante car Serleena n'entend pas attendre longtemps avant de frapper.