Tandis qu'il poursuit son entraînement au sein de l'élite junior de la CIA, l'adolescent Cody Banks apprend que son instructeur s'est enfui à Londres avec un microprocesseur permettant de contrôler les pensées et la volonté des êtres humains. Le jeune espion est aussitôt envoyé en Angleterre avec mission de récupérer le circuit intégré ultrasecret. À cette fin, il doit se faire passer pour un étudiant dans une école de musique huppée de Londres. Derek, le coéquipier de Cody, est un espion plutôt gaffeur qui fait tout pour rentrer dans les bonnes grâces de la CIA. Or, bien qu'il doive se faire engager comme chef à l'école, Derek n'a aucune notion d'art culinaire. Au fil de leur enquête, les deux agents obtiennent l'aide inattendue de la jeune Emily, envoyée par les services secrets britanniques.