Donnie Darko est un adolescent presque comme les autres. Son imagination et son intelligence en font une personnalité complexe. Il a pour ami Franck, une créature que lui seul peut voir et entendre.

Lorsque, par miracle, Donnie échappe à la mort, Franck lui propose un étrange marché. La fin du monde approche et Donnie doit accomplir sa destiné...

Dans la petite ville tranquille, des événements bizarre surviennent : le collège est mis à sac et une espèce de gourou new age, Jim Cunningham, est chargé de ramener les élèves sur la bonne voie. Donnie sait que derrière tout ça se cachent d'inavouables secrets. Franck l'aidera à les mettre à jour, semant le trouble dans la communauté.

L'évolution du jeune garçon déroute et inquiète sa famille, sa psy, ses amis et surtout sa copine Gretchen...