Balthasar, jeune orphelin confié à la garde d’un Maître cabaliste et alchimiste (Michael Lonsdale) voyage à travers l'Allemagne des années 1580, secouée par la peste et les guerres de religion. Cet adolescent doté d'une vaste imagination va rencontrer au fil de ses pérégrinations des personnages étranges et rebelles à l'Inquisition...