14 octobre 1962. En survolant Cuba, l'avion espion américain U2 vient de découvrir que l'Union soviétique est en train d'installer des bases de lancements pour ses missiles balistiques à courtes portées.

Pour le président John Kennedy, cette menace est intolérable. Soutenu par son frère, Bobby, et assisté par son homme de confiance, Kenny O'Donnell, le président américain va tenter, durant treize jours, d'éviter la Troisième Guerre Mondiale.

Dans le secret de la Maison Blanche, les trois hommes utiliseront toutes les armes dont ils disposent pour éviter l'escalade de la terreur.