Au coeur d'un glacier, deux hommes des cavernes sont dépecés par une féroce créature. 35 000 ans plus tard, au Texas, un jeune garçon découvre des ossements dans une grotte et sombre dans le coma après qu'un parasite d'origine inconnue a investi son organisme.
Quatre pompiers venus le secourir subissent le même sort. Le site est bientôt bouclé par un certain Bronschweig et son équipe avant l'arrivée de mystérieux camions-citernes. Une semaine plus tard, à Dallas, une alerte à la bombe dans un immeuble fédéral mobilise une équipe du FBI parmi laquelle les agents Fox Mulder et Dana Scully, qui découvrent la charge dans le bâtiment d'en face. Ils n'ont que le temps de faire évacuer les lieux avant l'explosion...