Dans un monde en proie à la haine et aux préjugés, les mutants sont des exclus, méprisés et craints par tous ceux qui ne peuvent accepter leurs différences. Le Professeur Charles Xavier dirige une école pour ces êtres à part. Parmi eux, Cyclope, Tornade, Wolverine, et Jean Grey forment l'équipe des X-Men. Ils devront affronter le redoutable Magneto, mutant surpuissant qui rêve d'anéantir l'espèce humaine.