En 1964, trois militants pour les droits civiques, de passage à Jessup County (Mississippi), disparaissent mystérieusement. Deux agents du F.B.I., Alan Ward et Rupert Anderson, sont chargés de l'enquête. Anderson, un homme du Sud, agit en souplesse, faisant alterner la bonhomie complice et la menace feutrée. Ward, venu du Nord, investit tapageusement la ville et appelle en renfort des centaines d'agents et de soldats. Le résultat ne se fait pas attendre : Hollis, un jeune Noir que Ward a eu l'imprudence d'interroger en publie, est passé à tabac; des cases et des églises sont incendiées. De son côté, Anderson " cuisine " habilement les différents suspects, en particulier le shérif Stuckey et son adjoint Pell, à qui son épouse a fourni un alibi...