A l'issue d'une prise d'otages qui a mal tourné, l'agent du FBI Art Jeffries est tenu pour responsable et relégué à des tâches subalternes. Pendant ce temps, à Chicago, Simon Lynch, un autiste de 9 ans, parvient à déchiffrer un code secret mis au point par le gouvernement américain pour protéger l'identité de ses agents infiltrés à l'étranger. Les concepteurs de ce code, baptisé «Mercury», l'avaient dissimulé dans un magazine de jeux éducatifs vendu au public, afin d'en tester l'efficacité. Le responsable du projet, le lieutenant-colonel Nicholas Kudrow, craignant que cette «bavure» ne nuise à sa carrière, envoie aussitôt un tueur...