Deux petites filles viennent s'installer avec leur père dans une grande maison à la campagne afin de se rapprocher de l'hôpital ou séjourne leur mère. Elles vont découvrir l'existence de créatures merveilleuses, mais très discrètes, les totoros.
Le totoro est une créature rare et fascinante, un esprit de la forêt. Il se nourrit de glands et de noix. Il dort le jour, mais les nuits de pleine lune, il aime jouer avec des ocarinas magiques. Il peut voler et est invisible aux yeux des humains. Il existe trois totoros : O totoro (gros), chu totoro (moyen) et chili totoro (petit).