La mainmise d'Ishiki Makoto sur le commandement de TERRA précipite dangereusement l'offensive sur Tokyo-Jupiter et entraîne l'éloignement d'Ayato, considéré coupable de haute trahison. C'est à ce moment que Mamoru, l'ami d'enfance, fait son apparition sur Nirai-Kanai, affirmant s'être échappé de Tokyo-Jupiter grâce à TERRA... Pourquoi Haruka semble-t-elle avoir rejoint le camp de Makoto ? Qui est ce nouveau lieutenant dont le visage semble si familier à Kamina ? Quelles sont les relations qui unissent Quon et la Fondation Bahbem ?... C'est dans des circonstances extrêmement tendues, à l'aube d'une offensive militaire d'une ampleur inédite, que l'Instrumentaliste de RahXephon va commencer à assembler les pièces d'un énigmatique puzzle dont il semble, pourtant, être la figure centrale...