L'histoire se déroule pendant l'ère Taishô (1912-1926, elle succède à l'ère Meiji). Le gouvernement japonais a créé des androides, appelés "Anges d'Acier" (Steel Angels), au physique de jeunes femmes, qui sont des armes redoutables avec un très grand pouvoir de destruction.
La personne qui réveille un Ange d'Acier se verra être le maître unique et absolu de cet androide... Un jour, Nakahito, un jeune apprenti prêtre, fait la découverte d'un de ces Anges d'Acier, du nom de Kurumi, et sans le vouloir, il le réveille...