Toujours en quête de devenir le meilleur entraineur de pokémon au monde, Sacha accompagné d'Ondine, poursuit son chemin. Avec Pikachu et les 2 autres pokémon, qu'il a réussi à attraper, Sacha relève tous les défis qui lui sont lancés. . Ils vont se heurter à Mewtwo, clone maléfique du légendaire Pokémon Mew, qui a massacré ses inventeurs et entend bien se venger de la race humaine...