Dans ce douzième film inédit, le combat entre Dialga, Palkia et Giratina continue de faire rage ! Arceus a autrefois aidé le peuple de Michina en lui confiant une partie de ses pouvoirs sous la forme du Joyau de Vie. Mais au moment de rendre à leur bienfaiteur ce qui lui appartient, les habitants décident de trahir Arceus…