En pleine guerre du Vietnam, et alors qu'il dépérit dans sa chambre d'hôtel, le capitaine Willard est, à sa surprise, chargé par la C.I.A. de retrouver et de liquider un ancien Béret vert retranché près de la frontière du Cambodge, le colonel Kurtz.

Celui-ci règne sans partage et avec folie sur une bande de maquisards. Accompagné d'un équipage de quatre hommes Willard embarque sur un patrouilleur. En remontant le fleuve qui doit les mener jusqu'au mystique Colonel Kurtz, ils assistent aux horreurs de la guerre. Ils rencontrent d'abord " une cavalerie " d'hélicoptères commandée par un chef qui nettoie la jungle à coup de napalm pour pouvoir faire du surf. Puis, c'est le ballet des playmates.

Ils assistent ensuite à l'absurde combat de soldats livrés à eux-mêmes défendant un pont inutile. Au beau milieu de ce périple cauchemardesque, Willard fait la connaissance de Roxanne, une jeune femme triste vivant avec sa famille dans une vieille plantation coloniale oubliée de tous. Mais le Capitaine Willard a une mission à accomplir. Avec le peu d'hommes qui lui reste, il reprend donc la route en remontant le Mékong, direction Kurtz.