Au XIIème siècle en Andalousie, le philosophe Averroes premier conseiller du calife, est reconnu pour sa sagesse, sa tolérance et son équité. Mais il doit faire face à des adversaires qui utilisent l'Islam dans leur quête de pouvoir absolu.

Ces derniers, à la tête d'une secte fondamentaliste, parviennent à enrôler l'un des deux fils du calife. Leur emprise s'affermissant, ils obtiennent la destitution d'Averroès et la condamnation par 'fatwa' à l'autodafé de son oeuvre...

Au travers de cette fable, aux allures de film de cape et d'épée, de conte oriental et de comédie musicale, Youssef Chahine a construit un véritable hymne à la tolérance.

Le réalisateur évoque ses peurs, mais aussi ses espoirs, dans un récit épique qui effectue une sorte de synthèse du cinéma égyptien, un cinéma prolifique et populaire.