Alors que les robots Labors sont de plus en plus employés pour des opérations aussi bien civiles que militaires, une division policière spéciale Patlabor est créée afin de combattre les criminels qui utiliseraient cette technologie. La destruction d'une équipe de Labors de l'ONU en Asie du Sud-Est marque le début d'une action terroriste : Tsuge, instructeur et ancien amant de Nagumo, construit une toile mortelle qui menace les structures militaires et gouvernementales du Japon. Nagumo pourra-t-elle tenir son serment de policier face aux plans destructeurs de Tsuge ? Le compte à rebours commence maintenant...