Les bas quartiers de Mégalopolis. Un jeune garçon Tetsuro se rend à la gare centrale de la ville pour partir à bord du fabuleux train 999. Pour arriver à ses fins, il décide de voler des billets à des clients fortunés. Mais l’action tourne mal et le jeune garçon est poursuivi par la police. Dans la course poursuite Tetsuro va perdre le mystérieux pendentif qu’il porte à son coup. Celui-ci appartenait à sa mère lâchement abattue sous ses yeux par le Comte mécanique. C’est à partir de ce jour que le jeune garçon s’est juré de troquer son corps humain contre un corps mécanique, et ainsi acquérir force et immortalité pour pouvoir assouvir sa soif de vengeance.Cette opération est néanmoins réservée à des gens riches et il n'existe qu'un seul endroit dans l'univers où elle peut être tentée. Ce lieu est accessible grâce au train intergalactique 999.A peine a-t-il eu le temps de se reposer que la police vient frapper à la porte de son appartement pour l’arrêter. C’est a se moment là que la belle Maetel vient a son secours. Celle-ci lui offre un billet gratuit pour le Galaxy Express 999 à condition qu’elle l’accompagne. Le garçon quitte ainsi la Terre et part avec Maetel pour un long voyage intersidéral.