L'histoire se déroule en l'an 2015, au Japon, Kamina Ayato est un lycéen qui se rend tranquillement vers son club de sport avec ses deux amis quand un vaisseau attaque la ville.Tous est dévasté devant leurs yeux et au beau milieu de tout ça il se retrouve devant une fille mysterieuse, Reika. Alors qu'Ayato est poursuivi par des créatures à sang bleu, il est sauvé par cette fille qui l'emmène dans un palais souterrain.Là, se tient un oeuf géant. Le chant de Reika fais éclore l'oeuf et voila qu'apparaît Rah-Xephon.