Après la brillante victoire de RahXephon sur son ennemi, Ayato est considéré comme le pilote officiel du mecha. Il subit alors une nouvelle batterie de tests où l'on découvre qu'il a des points communs assez frappants avec Quon Kusanagi, une jeune fille bien étrange qu'Ayato a rencontrée sur le porte-avions.