En 200X, les habitants de DenTech City sont connectés grâce aux Pets à un réseau informatique dans lequel ils évoluent individuellement à travers des NetNavi, leurs navigateurs personnels. Chaque NetNavi possède des caractéristiques et des pouvoirs qui lui sont propres. MegaMan est celui de Lan, un jeune garçon gradé de la cinquième section. Ensemble et avec leurs amis, ils essaient de contrecarrer le diabolique Dr Willy et son organisation du chaos NetCrime qui menacent d'anéantir le monde.