Grand spécialiste de l'histoire des Pokémon, le professeur Spencer Hale vient de disparaître du Centre de Recherche de Greenfield laissant seule sa petite fille Molly.

La fillette éperdue se laisse alors transporter par ses rêveries et devient la prisonnière des Zarbi, de redoutables Pokémon ayant le pouvoir de lire dans les esprits et ainsi concevoir des mondes virtuels que l'on croit réels. Molly entre ainsi dans une nouvelle dimension et prend en amitié Enteï, une créature géante qu'elle prend pour son père, le professeur Spencer Hale. Mais les horribles Zarbi ne s'arrêtent pas là ; ils enlèvent la mère de Sacha - le vaillant dompteur des Pokémon - afin de la faire passer pour la mère de Molly, tragiquement disparue il y a deux ans de cela...

Tandis que Molly demeure prisonnière des illusions que lui façonnent les Zarbi, un mal étrange est en train de prendre le contrôle de Greenfield, et bientôt du monde entier... Voici le départ d'une nouvelle aventure pour Sacha et ses compagnons Pierre et Ondine...