La Mystery Machine, leur fourgonnette, est aujourd'hui sagement entreposée. Fred, Daphné, Shaggy, Velma et leur fidèle chien Scooby-Doo ont dissous la formidable équipe qu'ils formaient pour mener leur propre destiné. Cette période de leur adolescence où mener des enquêtes et démystifier les coups bien orchestrés est maintenant chose du passé. Ils ont vieilli et décidé de passer à autre chose.

C'est la nouvelle attraction de l'île de peur, fertile en frissons de tout genre, qui a la cote chez les jeunes aujourd'hui. Cet immense parc au large des côtes attire les foules, plus particulièrement les adolescents. Toutefois, ils n'en reviennent pas tous aussi réjouit...

Sans le savoir, les membres de la Mystery Machine sont tous invités pour passer une nuit sur cette île mystérieuse. Persuadés qu'il ne s'agit que d'un endroit sans danger, ils acceptent tous l'invitation et se retrouve sur place.

Les attractions et les fantômes servent ,apparemment, uniquement à donner la frousse, rien n'est vrai et rien d'alarmant ne peut s'y produire après tout! Mais plus le temps passe et plus les phénomènes étranges se multiplient... Quelque chose de très louche serait-il réellement en train de se trâmer sur l'île administrée par Émile Mondavarious?