Scoubidou, Samy et toute la bande sont à nouveau réunis pour résoudre le plus effrayant mystère de leur vie… Scoubidou, Samy, Daphné, Velma et Fred débarquent sur une île hantée à la recherche du pirate Moonscar. L’équipe turbulente va vite se rendre compte que l’esprit du pirate n’est pas le seul fantôme à habiter l’île.