Un jour, alors qu’il se promène au mont Sylvestre dans la ville de Granval-sur-Mer pour attraper des insectes rares, un garçon nommé Nathan Adams tombe sur un yo-kai nommé Whisper, ce dernier donne à Nathan un dispositif connu sous le nom de Yo-kai Watch. En l’utilisant, Nathan est capable d’identifier et de voir de nombreux yo-kai qui hantent les personnes et causent des méfaits. Ensemble, Nathan et Whisper commencent à devenir amis avec toutes sortes de yo-kai rencontrés, qu’il peut alors invoquer pour lutter contre des yo-kai malintentionnés qui vivent dans la ville. Mais Nathan va perdre sa montre et devoir remonter dans le temps pour en avoir une autre.