Pendant les guerres napoléoniennes, le Surprise, un navire appartenant à la couronne britannique, commandé par le capitaine Aubrey, se lance à la poursuite d’un vaisseau français, l’Achéron. Un premier accrochage se fait au détriment du Surprise. Les avaries sont nombreuses. Mais Aubrey ne lâche pas prise. Malgré l’opposition de son ami, le chirurgien Stephen Maturin, qui lui ne rêve que de découvertes scientifiques et se passionne pour la faune et la flore des îles Galapagos. C’est en déguisant le Surprise en baleinier que Aubrey parvient enfin, par la ruse, à prendre l’Achéron à l’abordage. Mais sa victoire n’est peut-être pas aussi nette qu’il y paraît…