A la fin des années 60 au Vietnam, le capitaine Willard reçoit pour mission secrète de partir à la recherche du Colonel Kurtz, un colonel des bérets verts qui s’est installé au Cambodge, d’où il opère en dehors de tout contrôle. Les services secrets pensent que Kurtz est devenu fou et demandent à Willard de l’éliminer. Willard embarque avec un équipage à bord d’un patrouilleur et, en remontant la rivière, il a tout le temps d’étudier le dossier de Kurtz , un des officiers les plus décorés de l’armée américaine. Plus le bateau avance, plus le mystère s’épaissit, et plus Willard a l’impression de remonter le temps…