Dans la nuit du 26 au 27 mars 1996, sept moines trappistes du monastère de Tibhirine, en Algérie, sont enlevés lors de la guerre civile algérienne, et séquestrés pendant deux mois. L'assassinat des moines est annoncé le 21 mai 1996, dans un communiqué attribué au Groupe islamique armé. Déjà menacés en 1993, les religieux étaient parfaitement conscients des risques qu’ils encouraient en ne quittant pas la région, et avaient pourtant décidé de rester vivre dans leur monastère… Réalisé dix ans après leur assassinat, Le Testament de Tibhirine raconte l'amour de ces hommes pour cette région des montagnes de l'Atlas et ses habitants. Il dévoile leur vie quotidienne au sein de l'abbaye Notre-Dame de l'Atlas, les activités communes avec les villageois, leur dialogue avec ces derniers, dans un respect profond de la religion musulmane. Le film s'interroge aussi sur les raisons qui ont poussés les moines à demeurer dans ce monastère, en pleine guerre civile algérienne. La nuit de Noël 1993, où les moines ont été sous la menace d'un commando du GIA est ainsi évoquée. Le testament de Christian de Chergé, prieur du monastère, et le journal d'un des moines, servent de trame à ce récit, illustré d'images d'archives de la vie au monastère et de prises de vues tournées sur place, dix ans après leur mort. Les écrits des moines et des témoignages sur eux éclairent ainsi leurs motivations profondes à rester.