Au château de Nockmaar, une femme met au monde une petite fille dont une prédiction raconte qu’elle détrônera un jour la cruelle reine Bavmorda. Celle-ci veut tuer le bébé, mais la sage-femme le confie à la rivière, sur un radeau d’osier. Tandis que Sorsha, la fille de Bavmorda, et le général Kael se lancent à sa poursuite, l’esquif s’échoue chez les Nelwyns, un peuple de nains habitant la forêt. L’enfant — la future princesse Elora — est recueillie par Willow et sa femme Klaya. Lors de l’assemblée du village, le magicien Aldwin décide cependant qu’Elora doit être rendue à son peuple, les Daikinis. Willow et trois de ses compagnons sont chargés de cette mission. En chemin, ils rencontrent Madmartigan, un sympathique gredin Daikini, et lui remettent Elora. Mais celle-ci est enlevée par des lutins Brownies qui conduisent Willow à la fée Cherlindrea. La fée donne à Willow une baguette magique et lui demande d’aller trouver la bonne sorcière Fin Raziel, seule capable d’anéantir Bavmorda. Willow se rend chez Raziel, qu’un maléfice a transformée en rat musqué. Sorsha survient alors et l’emprisonne, ainsi que Madmartigan. Avec l’aide des Brownies, ils réussissent à s’évader en emportant le bébé. Une bataille homérique oppose l’armée de Bavmorda aux amis de Willow et aux troupes de leur allié Airk. Kael s’empare d’Elora et, alors que Bavmorda s’apprête à sacrifier le bébé, Willow, à l’aide de sa baguette magique, réussit à rendre à Raziel son apparence première. Un duel oppose la méchante reine à la bonne sorcière, qui finit par l’emporter. Sur le champ de bataille, Madmartigan venge la mort de son ami Airk en tuant Kael et conquiert, par sa bravoure et son charme, le coeur de Sorsha. Ayant accompli son devoir, Willow peut alors retourner auprès des siens.