A la fin du XXe siècle, l'armée et le gouvernement japonais soumirent de jeunes enfants à de dangereuses expériences. Libérant chez ces cobayes des forces parapsychologiques insoupçonnées, les militaires furent amenés à détruire leur laboratoire en bombardant Tokyo, donnant ainsi le signal d'une guerre atomique généralisée.Trente ans après l'holocauste, Néo-Tokyo est une mégapole oppressante, livrée au chômage, à la drogue, à la violence et au terrorisme, gouvernée par un régime "musclé" dominé par la figure redoutable du "Colonel", chef des armées. Des sectes entretiennent le mythe d'un enfant-cobaye : "Akira", dépositaire de l'Énergie Absolue, dont le corps cryogénisé reposerait dans un endroit secret et dont la résurrection ferait entrer le Japon dans une ère nouvelle.Dans l'espoir de résoudre l'énigme d'Akira, des expériences ont repris en secret. Une nuit, le cobaye n° 26 est enlevé mais parvient à s'enfuir en provoquant la chute d'un jeune motard, Tetsuo. Tetsuo est le souffre-douleur de ses copains et du chef de bande, Kaneda. Mais son contact avec le n° 26 a décuplé les forces de Tetsuo, qui se retourne contre ses ex-amis et affronte les forces de l'ordre. Capturé, soumis à des tests, Tetsuo croit entendre la voix d'Akira qui l'appelle. Son esprit halluciné en fait un rival et il s'évade pour l'éliminer. Le Colonel, Kaneda et toutes les forces armées liguées contre Tetsuo ne peuvent s'opposer à sa folie destructrice. Dans Néo-Tokyo transformé en champ de bataille, des projectiles font exploser la capsule où reposait Akira, libérant une immense boule lumineuse qui dessine dans le ciel la silhouette du Sauveur mythique. Les immeubles s'effondrent, un raz-de- marée submerge la ville. Au tumulte, succède un grand silence. Akira, Tetsuo et les cobayes se sont évanouis dans l'infini. Le règne des enfants peut commencer…