Au plus profond de la région de Johto existe un endroit magique avec des eaux transparentes, des montagnes interdites… et possédant un secret.Mewtwo et ses amis, les clones Pokémon ont enfin trouvé un endroit où ils pouvaient vivre en paix, bien loin du cruel monde humain. Mewtwo avait précédement effacé de toutes les mémoires toute trace de bataille entre lui, les Pokémon et la Team Rocket. Seul Giovanni, force maléfique derrière la création de Mewtwo s’en souvient.Le leader de la Team Rocket découvre leur cachette. Et il se trouve que Ash et ses amis les véritables Pokémon se retrouvent sur l’île au même moment. Alors qu’un ultime combat entre tous se profile à l’horizon, les forces de l’univers entrent en jeu et le destin et le destin de Mewtwo se retrouve entre les mains d'Ash.