Dans un monde post-appocalyptique, suite à une troisième guerre mondiale qui a embrasée le monde, ce dernier se reconstruit. Grâce à des scientifique et à une technologie très avancée, les hommes ont à présent la capacité de créer des humains. Mais pas n'importe quels humains, des humains sans sentiment, pour éviter que ceux-ci puissent penser à se battre et engendrer une nouvelle guerre. Mais tout le monde ne partage pas cet enthousiasme vis-à-vis de ces être artificiels, et les actes terroristes contre les bioroïds ne cessent de s'enchainer. Olymlpus, la cité pacifique où se regroupent les humaines et les biroïdes, fait appel à une jeune femme du nom de Dunam, une combatante d'élite, pour lutter contre ces actes terroristes. Mais la vérité semble avoir plusieurs noms et visages… L'un de ces noms est l'"AppleSeed".