En route pour un nouveau concours Pokémon, Sacha et ses amis passent par la ville d'Alamos, là où se trouvent les Tours de l'espace-temps. Les habitants de la ville sont victimes de terribles cauchemars qui selon le Baron Alberto sont dus à Darkrai, un mystérieux Pokémon. Un terrible combat oppose soudain deux Pokémon de légende : Palkia qui contrôle l'espace et Dialga qui contrôle le temps. Le choc des coups portés rique de provoquer une faille dans l'espace-temps et de faire basculer la ville dans le néant si personne n'arrive à les arrêter…