Le terrible combat qui a opposé Dialga et Palkia à la ville d'Alamos a eu de graves répercussions sur le Monde Inversé, ce qui a entraîné la colère de Giratina, le maître de ces lieux. Celui-ci souhaite désormais se venger et semble vouloir s'en prendre également à Shaymin, un curieux Pokémon aux pouvoirs étonnants. Sacha et ses amis décident de venir en aide à cet espiègle Pokémon et se retrouvent prisonniers du Monde Inversé. Tout se complique encore plus quand Zéro, un méchant sans scrupules, décide de s'en mêler…