John Rain est un des tueurs à gages les plus habiles et les plus mystérieux de Tokyo. Employé par les Yakuzas et parfois même le gouvernement, il n’a jamais manqué ses cibles. Ses méthodes consistent à transformer ses meurtres en mort naturelle. Pour le directeur de la CIA au Japon, William Holtzer (Gary Oldman), Rain est devenu l’ennemi public n°1, l’homme à abattre. À la suite de son dernier contrat, il va s’éprendre de la fille de sa victime. Il va alors transgresser toutes ses règles de conduite, pour la protéger et éviter qu’elle ne devienne un dommage collatéral dans cette chasse à l’homme où la CIA et la mafia sont à ses trousses.