Dans la France déchirée par les guerres de religion, le roi Charles IX, poussé par sa mère Catherine de Médicis, qui gouverne de fait, oblige sa soeur Marguerite de Valois, Margot, à épouser un prince protestant, Henri de Navarre, pour hâter la réconciliation des deux camps. Mais Margot déteste Navarre et prend tout de suite un amant, le huguenot La Môle. De plus, diplomatiquement, le mariage est un échec : la répression anti-protestants s’amplifie et aboutit au massacre de la Saint-Barthélémy. Dans ce climat sanglant, au milieu des sordides intrigues de sa famille, Margot fait son éducation politique. Aidant d’abord son mari, converti au catholicisme pour sauver sa vie, elle en vient à l’estimer, sinon à l’aimer, puis protège La Môle, qu’elle aime avec passion. Ce dernier, devenu l’ami de Coconas, un bouillant catholique, rejoint à l’étranger la résistance protestante.
Mais les événements se précipitent et rapprochent paradoxalement Henri de Navarre et Charles IX. Le poison que Catherine de Médicis destinait à Navarre tue par erreur le roi. Le clan Médicis s’effrite, Navarre — futur Henri IV — se révèle un habile tacticien et Margot échappe à la mort grâce à La Môle qui, lui, est exécuté avec son ami Coconas. Margot quitte Paris avec son époux, emportant la tête embaumée de son amant, alors qu’Anjou monte sur le trône sous le nom de Henri III…