A la fin de la saison 5, l'un des personnages principaux disparaissait et la vie des médecins du Seattle Grace Hospital s'en trouvait bouleversée. L'hôpital s'apprête à fusionner avec le Mercy West Hospital et les soucis vont s'accumuler : Richard est accablé par les responsabilités ; les services ont le plus grand mal à fonctionner et le stress grandit pour chacun des personnages. Le jour de la Saint Valentin, le toit d'un restaurant va s'effondrer et surcharger les urgences de l'hôpital.La vie sentimentale de nos héros est elle aussi chamboulée. Alors que Meredith et Derek filent le parfait amour, Cristina et Owen traversent une crise, Lexie et Mark emménagent ensemble et Callie trouve enfin l'amour…