Lorsque la mère de June disparaît pendant des vacances en Colombie avec son nouveau petit ami, la jeune fille se lance dans une quête pour trouver des réponses. Cependant, ses efforts pour mener l'enquête sont entravés par la complexité administrative internationale. Bloquée à Los Angeles, à des milliers de kilomètres de distance, June déploie toute son ingéniosité en exploitant les dernières avancées technologiques à sa disposition pour retrouver sa mère avant qu'il ne soit trop tard.
S'inspirant de Searching – Portée disparue sorti en 2018, Missing : Disparition inquiétante use d'une technique similaire qui consiste à observer l'action à travers des écrans. Parsemée de rebondissements, de fausses pistes et de retournements familiaux, le film de Will Merrick et Nicolas D. Johnson propose donc une idée audacieuse : retrouver quelqu'un à partir de toutes ses traces numériques, le personnage de June piratant les réseaux sociaux à partir de son ordinateur portable pour mener son enquête.
Au-delà de l'intention première de l'histoire (retrouver une femme disparue), Missing : Disparition inquiétante contient plusieurs couches de lecture. Comme le résument les réalisateurs Nick Johnson et Will Merrick : «une grande partie du film joue avec vos préjugés et la façon dont vous pourriez mal interpréter quelque chose »