Sonic le hérisson supersonique coule des jours tranquilles lorsque son vieil ennemi le docteur Robotnik l’attaque par surprise. Le savant fou s’est associé à Knuckles, un puissant echidné extraterrestre, mais Sonic peut compter sur l’aide de Tails, un renard à deux queues, capable de voler. Ils s’affrontent pour la possession d’une émeraude magique…