Gulliver reçoit une lettre lui demandant de revenir à Lilliput qu’il a quitté il y a un bon moment. A son retour, il constate que tout a changé et la foule qui pensait accueillir un géant se montre fort déçue. Le roi ordonne même son exécution. Or la flotte ennemie du Blefuscu menace le pays et Gulliver va s’appuyer sur son intelligence et son courage pour le neutraliser, avec l’aide de ses amis Squeak, la petite souris, et de la courageuse Marsi.